低温堆办公室成立于2005年，主要从事低温堆相关的项目管理工作。主要工作内容包括四个方面：项目管理、商务工作、外联协作、日常管理。

项目管理的主要职责是进度控制、费用控制、质量控制及保密控制。负责制定项目进度计划；与各部门及合作单位协调，对核研院内部承担的子项实际进度、分包合作项（委托设计）实际进度进行监测；控制项目总体进度节点；定期向领导小组汇报项目实际进度。制定项目经费使用计划；协同技术部门进行成本评估审核；对实际费用执行情况进行监测；根据合同进度，控制经费分配流动；定期向领导小组汇报经费使用情况。协同质保办建立质量保证体系并监督质保执行情况；与质保办、总体室、工程办协作，控制项目完成质量；定期向领导小组汇报质量执行情况。建立保密规章制度；制定保密管理条例；协助院保密办进行日常保密工作（涉密档案管理、保密检查、涉密人员管理等）；监督保密制度执行；定期向领导小组汇报保密情况。

商务工作的主要职责是采购管理、商务谈判及合同管理。根据项目需要进行设备采购；对大型通用设备、批量原材料、大额批量物品的采购实行招投标管理；对特殊及专用设备实行邀标或议标管理。根据不同工作任务及相应的技术文件起草合同文本；进行商务谈判；对于招投标（或邀标）项，编制相应的标书文件；监督委托项合同执行情况；定期向领导小组汇报商务工作情况。

外联协作的主要职责是与各主管部门联系、合作协作、项目相关评审验收。上传下达学校主管部门、教育部主管部门及其它上级主管部门的指示。与各合作单位、协作单位协调沟通，与潜在的合作单位联络。邀请相关专家，组织评审（或验收）工作。

日常管理的主要职责是规章制度制定监督、设备管理、会务管理、文档管理、专区保密管理、人员管理等工作。制定相应的规章制度，并及时补充和完善，监督规章制度的执行情况。负责涉密设备的管理与维护；密钥、密码管理；信息系统安全管理；涉密移动介质管理。负责涉密会议申请，会务组织安排，会议的保密措施。项目相关文件的管理；纪要简报记录；文档资料密级分类并存档管理。专区来访人员的审批登记；卫生保洁监督检查；值班室工作监督检查；维修维护人员审批登记；例行保密安全的监督与巡查。人员流动登记及人员考核。